COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 14.944875 14.944875 14.730951
2021-02-11 17:00:00 14.761464 14.761464 14.722440
2021-02-10 17:00:00 13.137694 14.568516 14.692040
2021-02-09 17:00:00 12.851202 14.518626 14.594820
2021-02-08 17:00:00 14.518626 14.518626 14.640132
2021-02-07 17:00:00 15.395908 15.395908 14.592442
2021-02-06 17:00:00 6.259430 14.372600 14.557938

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 9.454449 9.454449 9.747843
2021-02-11 17:00:00 8.051290 14.300847 10.082442
2021-02-10 17:00:00 5.033665 8.464753 10.367996
2021-02-09 17:00:00 6.615427 6.615427 10.335359
2021-02-08 17:00:00 1.315884 4.960237 10.211137
2021-02-07 17:00:00 5.306719 11.546610 10.342115
2021-02-06 17:00:00 14.233781 14.233781 10.468393

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 17.441860 17.441860 17.075000
2021-02-11 17:00:00 20.689655 20.689655 16.411366
2021-02-10 17:00:00 21.510297 21.510297 16.199446
2021-02-09 17:00:00 17.966102 17.966102 15.684236
2021-02-08 17:00:00 14.705882 16.055500 15.766444
2021-02-07 17:00:00 15.618661 15.618661 15.746681
2021-02-06 17:00:00 11.691884 11.691884 15.713500

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 4.976201 4.976201 7.417573
2021-02-11 17:00:00 7.568807 7.568807 7.519925
2021-02-10 17:00:00 8.942750 8.942750 7.547350
2021-02-09 17:00:00 7.727086 7.727086 7.559104
2021-02-08 17:00:00 8.830846 5.881135 7.693246
2021-02-07 17:00:00 4.703704 7.222222 7.730054
2021-02-06 17:00:00 8.222037 8.222037 7.757760

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 14.562761 14.562761 15.600558
2021-02-11 17:00:00 13.869330 13.869330 15.593143
2021-02-10 17:00:00 12.450503 12.450503 15.549940
2021-02-09 17:00:00 16.712580 16.712580 15.461109
2021-02-08 17:00:00 28.636802 28.636802 15.661931
2021-02-07 17:00:00 23.353454 23.353454 15.444712
2021-02-06 17:00:00 1.159590 13.824555 15.311336

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 29.986352 26.408657 24.877032
2021-02-11 17:00:00 24.944362 24.944362 24.758786
2021-02-10 17:00:00 16.902944 23.791349 24.760597
2021-02-09 17:00:00 24.690422 19.048547 24.777239
2021-02-08 17:00:00 45.318619 24.882721 25.198650
2021-02-07 17:00:00 30.240700 30.240700 25.667837
2021-02-06 17:00:00 26.079578 26.079578 26.011099

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 13.835878 13.835878 14.407808
2021-02-11 17:00:00 16.178797 16.178797 14.702268
2021-02-10 17:00:00 12.065508 12.065508 15.114666
2021-02-09 17:00:00 11.605996 11.605996 15.415007
2021-02-08 17:00:00 16.645649 16.645649 15.150547
2021-02-07 17:00:00 15.388769 15.388769 15.467928
2021-02-06 17:00:00 8.951019 18.641390 15.680361

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 6.236042 6.236042 5.535294
2021-02-11 17:00:00 6.682088 6.682088 5.555878
2021-02-10 17:00:00 5.732306 5.732306 5.581169
2021-02-09 17:00:00 4.338028 4.338028 5.586743
2021-02-08 17:00:00 11.864664 4.340104 5.534952
2021-02-07 17:00:00 6.305257 6.305257 5.551846
2021-02-06 17:00:00 5.067720 5.067720 5.567055

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 12.590064 12.590064 13.986772
2021-02-11 17:00:00 12.709163 12.709163 14.118498
2021-02-10 17:00:00 14.124951 14.124951 14.266400
2021-02-09 17:00:00 11.115917 11.115917 14.382721
2021-02-08 17:00:00 14.039566 14.039566 14.585081
2021-02-07 17:00:00 26.863469 26.863469 14.786987
2021-02-06 17:00:00 15.907781 15.907781 14.609243

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 21.853101 21.853101 20.335373
2021-02-11 17:00:00 20.496842 20.496842 20.180408
2021-02-10 17:00:00 20.649989 20.649989 19.936588
2021-02-09 17:00:00 23.013737 23.013737 19.346369
2021-02-08 17:00:00 18.484097 18.484097 19.099087
2021-02-07 17:00:00 17.618328 17.618328 18.874874
2021-02-06 17:00:00 21.934527 21.934527 18.695545

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 15.084944 15.084944 12.974430
2021-02-11 17:00:00 11.707533 15.882529 12.998300
2021-02-10 17:00:00 12.108139 12.108139 12.986493
2021-02-09 17:00:00 8.176863 8.176863 12.726401
2021-02-08 17:00:00 25.560538 12.381383 12.677557
2021-02-07 17:00:00 13.690063 13.690063 12.683812
2021-02-06 17:00:00 12.831077 12.831077 12.677432

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 10.764588 10.764588 11.594190
2021-02-11 17:00:00 11.755486 11.755486 11.709213
2021-02-10 17:00:00 14.486922 8.249497 11.662069
2021-02-09 17:00:00 5.343511 20.356234 11.636511
2021-02-08 17:00:00 13.312203 13.312203 11.600867
2021-02-07 17:00:00 13.150289 13.150289 11.527663
2021-02-06 17:00:00 9.898477 9.898477 11.445864

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 86.720867 86.720867 92.677430
2021-02-11 17:00:00 95.371669 95.371669 92.849813
2021-02-10 17:00:00 115.519766 115.519766 92.375444
2021-02-09 17:00:00 228.164557 98.228883 92.175529
2021-02-08 17:00:00 74.127907 90.803815 89.742289
2021-02-07 17:00:00 64.032698 64.032698 87.851907
2021-02-06 17:00:00 102.035623 102.035623 86.741118

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 83.269962 83.269962 NaN
2021-02-11 17:00:00 65.544041 65.544041 NaN
2021-02-10 17:00:00 89.970501 89.970501 NaN
2021-02-09 17:00:00 58.781362 58.781362 NaN
2021-02-08 17:00:00 29.729730 94.819820 NaN
2021-02-07 17:00:00 65.543071 65.543071 NaN
2021-02-06 17:00:00 83.734940 83.734940 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 16.227824 16.227824 12.578924
2021-02-11 17:00:00 18.819247 11.348528 12.879005
2021-02-10 17:00:00 10.764280 10.764280 13.017538
2021-02-09 17:00:00 10.255136 10.255136 13.157988
2021-02-08 17:00:00 18.435115 8.746831 13.440055
2021-02-07 17:00:00 18.869066 18.869066 13.671755
2021-02-06 17:00:00 15.940418 15.940418 13.849017

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 26.106987 26.106987 26.799796
2021-02-11 17:00:00 37.760968 37.760968 26.686977
2021-02-10 17:00:00 23.973839 23.973839 26.443368
2021-02-09 17:00:00 15.752949 22.553782 25.670659
2021-02-08 17:00:00 13.839941 34.893539 25.875066
2021-02-07 17:00:00 45.508626 19.655704 26.635348
2021-02-06 17:00:00 23.792395 23.792395 26.528108

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 4.097975 4.097975 5.347153
2021-02-11 17:00:00 4.392129 4.392129 5.677534
2021-02-10 17:00:00 6.399046 6.399046 5.730020
2021-02-09 17:00:00 5.636743 3.554190 5.679993
2021-02-08 17:00:00 5.137615 5.137615 5.711452
2021-02-07 17:00:00 9.777778 9.777778 5.867603
2021-02-06 17:00:00 5.484862 5.484862 6.054914

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 8.630691 8.630691 11.649608
2021-02-11 17:00:00 12.947189 12.947189 11.790206
2021-02-10 17:00:00 12.714965 12.714965 11.981652
2021-02-09 17:00:00 13.726937 13.726937 12.280682
2021-02-08 17:00:00 11.658537 8.485709 12.593671
2021-02-07 17:00:00 12.954186 12.954186 12.831134
2021-02-06 17:00:00 13.261421 13.261421 13.123238

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 7.606194 7.606194 7.995813
2021-02-11 17:00:00 8.993964 7.072435 8.170806
2021-02-10 17:00:00 7.082542 7.082542 8.163973
2021-02-09 17:00:00 6.291667 6.291667 8.176901
2021-02-08 17:00:00 12.137387 12.137387 8.105176
2021-02-07 17:00:00 10.090634 10.090634 8.066688
2021-02-06 17:00:00 9.038682 9.038682 8.062872

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 33.021390 25.300802 24.924617
2021-02-11 17:00:00 23.018389 23.018389 25.102196
2021-02-10 17:00:00 25.105868 25.105868 25.486780
2021-02-09 17:00:00 21.626298 21.626298 25.406897
2021-02-08 17:00:00 90.047393 25.677995 25.449125
2021-02-07 17:00:00 28.191882 28.191882 25.468029
2021-02-06 17:00:00 25.397974 25.397974 25.117631

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 10.227273 10.227273 11.334296
2021-02-11 17:00:00 10.465116 10.465116 11.487363
2021-02-10 17:00:00 7.526882 7.526882 11.637892
2021-02-09 17:00:00 15.384615 15.384615 11.146948
2021-02-08 17:00:00 26.530612 15.294118 10.751770
2021-02-07 17:00:00 1.562500 10.465116 10.825236
2021-02-06 17:00:00 13.333333 13.333333 10.370275

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-12 17:00:00 27.906977 27.906977 24.735640
2021-02-11 17:00:00 23.266513 23.266513 24.958456
2021-02-10 17:00:00 26.436782 26.436782 24.807501
2021-02-09 17:00:00 25.905395 25.905395 24.866655
2021-02-08 17:00:00 29.885057 16.325023 24.640652
2021-02-07 17:00:00 22.794118 22.794118 24.499017
2021-02-06 17:00:00 30.262200 30.262200 24.502770

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.454449 9.454449 9.747843
Basilicata 17.441860 17.441860 17.075000
Calabria 4.976201 4.976201 7.417573
Campania 14.562761 14.562761 15.600558
Emilia-Romagna 29.986352 26.408657 24.877032
Friuli Venezia Giulia 13.835878 13.835878 14.407808
Lazio 6.236042 6.236042 5.535294
Liguria 12.590064 12.590064 13.986772
Lombardia 21.853101 21.853101 20.335373
Marche 15.084944 15.084944 12.974430
Molise 10.764588 10.764588 11.594190
P.A. Bolzano 86.720867 86.720867 92.677430
P.A. Trento 83.269962 83.269962 NaN
Piemonte 16.227824 16.227824 12.578924
Puglia 26.106987 26.106987 26.799796
Sardegna 4.097975 4.097975 5.347153
Sicilia 8.630691 8.630691 11.649608
Toscana 7.606194 7.606194 7.995813
Umbria 33.021390 25.300802 24.924617
Valle d'Aosta 10.227273 10.227273 11.334296
Veneto 27.906977 27.906977 24.735640

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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